Arnaud Ferré
Arnaud Ferré
Université de Montréal
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Overview of the bacteria biotope task at bionlp shared task 2016
L Deléger, R Bossy, E Chaix, M Ba, A Ferré, P Bessieres, C Nédellec
Proceedings of the 4th BioNLP shared task workshop, 12-22, 2016
822016
Combining rule-based and embedding-based approaches to normalize textual entities with an ontology
A Ferré, L Deléger, P Zweigenbaum, C Nédellec
Proceedings of the Eleventh International Conference on Language Resources …, 2018
122018
Representation of complex terms in a vector space structured by an ontology for a normalization task
A Ferré, P Zweigenbaum, C Nédellec
BioNLP 2017, 99-106, 2017
122017
Meet-U: educating through research immersion
N Abdollahi, A Albani, E Anthony, A Baud, M Cardon, R Clerc, ...
PLoS computational biology 14 (3), e1005992, 2018
42018
The bacterial interlocked process ONtology (BiPON): a systemic multi-scale unified representation of biological processes in prokaryotes
VJ Henry, A Goelzer, A Ferré, S Fischer, M Dinh, V Loux, C Froidevaux, ...
Journal of biomedical semantics 8 (1), 1-16, 2017
32017
Florilege: a database gathering microbial phenotypes of food interest
H Falentin, E Chaix, S Derozier, M Weber, S Buchin, B Dridi, SM Deutsch, ...
4th International Conference on Microbial Diversity 2017, np, 2017
32017
Représentation de termes complexes dans un espace vectoriel relié à une ontologie pour une tâche de catégorisation
A Ferré
Rencontres des Jeunes Chercheurs en Intelligence Artificielle (RJCIA 2017), 2017
32017
Improving the CONTES method for normalizing biomedical text entities with concepts from an ontology with (almost) no training data
A Ferré, M Ba, R Bossy
Genomics & informatics 17 (2), 2019
22019
The smell of us–crowdsourcing human body odor evaluation
M Benony, M Cardon, A Ferré, J Coquet, N Foulquier, F Thonier, ...
Human Computation 3 (1), 161-179, 2016
22016
Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie
V Henry, A Ferré, C Froidevaux, A Goelzer, V Fromion, S Cohen-Boulakia, ...
IC2016-Ingénierie des Connaissances, 2016
22016
OntoBiotope: une ontologie pour croiser les habitats microbiens avec les analyses de génomes.
R Bossy, E Chaix, L Deleger, A Ferré, M Ba, P Bessières, C Nédellec
Les journées Bioinformatique de l'Inra, 1, 2016
22016
C-Norm: a neural approach to few-shot entity normalization
A Ferré, L Deléger, R Bossy, P Zweigenbaum, C Nédellec
BMC Bioinformatics 21, 2020
12020
Handling entity normalization with no annotated corpus: weakly supervised methods based on distributional representation and ontological information
A Ferré, R Bossy, M Ba, L Deleger, T Lavergne, P Zweigenbaum, ...
12. Conference on Language Resources and Evaluation, 11-16, 2020
12020
Représentations vectorielles et apprentissage automatique pour l’alignement d’entités textuelles et de concepts d’ontologie : application à la biologie
A Ferré
Université Paris-Saclay, 2019
12019
BIBLIOME: Acquisition et Formalisation de Connaissances à partir de Textes
C Nédellec, R Bossy, L Deleger, A Ferré
Dossier N o, 4, 2020
2020
Relier automatiquement des entités textuelles à des concepts d’une ontologie par apprentissage avec (presque) aucune donnée
A Ferré, M Ba, R Bossy, T Lavergne, L Deléger, P Zweigenbaum, ...
5ième édition atelier IN-OVIVE, 2019
2019
To better benefit from shared tasks in biomedical text mining
M Ba, A Ferré, R Eckart de Castilho, R Bossy, L Deléger, C Nédellec
Galaxy Community Conference (GCC2019), 2019
2019
Dégradation d’un anticancéreux dans les eaux usées-Une médaille d’or pour l’équipe GO Paris-Saclay
W Briand, O Dao, G Garnier, R Guegan, B Marta, C Maupu, J Miesch, ...
médecine/sciences 34 (12), 1111-1114, 2018
2018
Normalisation de termes complexes par sémantique distributionnelle guidée par une ontologie
A Ferré
19es REncontres jeunes Chercheurs en Informatique pour le TAL (RECITAL 2017), 2017
2017
BIBLIOME: Acquisition et Formalisation de Connaissances à partir de Textes
R Bossy, A Ferré
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