Hadi Quesneville

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Joëlle AmselemINRA, UR1164, Research Unit in Genomics Info, Versailles, FranceAdresse e-mail validée de inra.fr
Cyril PommierinraAdresse e-mail validée de inrae.fr
Delphine SteinbachGQE-Le MoulonAdresse e-mail validée de moulon.inra.fr
Véronique JamillouxengineerAdresse e-mail validée de inrae.fr
Florian MaumusInstitut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement, VersaillesAdresse e-mail validée de inrae.fr
Michael AlauxUniversité Paris-Saclay, INRAE, URGI, 78026, Versailles, France.Adresse e-mail validée de inrae.fr
Anna-Sophie Fiston-Lavier, PhDAssociate professor, University of Montpellier, ISEM, Institut Universitaire de France-Junior MemberAdresse e-mail validée de umontpellier.fr
Philippe LeroyINRA GDEC Clermont-FerrandAdresse e-mail validée de inra.fr
Casey BergmanAssociate Professor, Department of Genetics & Institute of Bioinformatics, University of GeorgiaAdresse e-mail validée de uga.edu
Sébastien TheilINRAEAdresse e-mail validée de inrae.fr
Andrew GeeringAssociate Professor, The University of QueenslandAdresse e-mail validée de uq.edu.au
Emmanuelle GeninInserm, UMR1078, BrestAdresse e-mail validée de inserm.fr
Laurent DuretCNRS, université Lyon 1Adresse e-mail validée de univ-lyon1.fr
olivier panaudUniversité de PerpignanAdresse e-mail validée de univ-perp.fr
wicker thomasuniversity of ZurichAdresse e-mail validée de botinst.uzh.ch
Karl GordonCSIRO Health and BiosecurityAdresse e-mail validée de csiro.au
Ben FieldCNRS, BIAM, MarseilleAdresse e-mail validée de univ-amu.fr
René FeyereisenUniversity of CopenhagenAdresse e-mail validée de plen.ku.dk
Duplessis SébastienINRAE Research Director, Deputy head of ECODIV Division (CDA)Adresse e-mail validée de inrae.fr
Loic LepiniecIJPB, INRAE-AgroPT, University of Paris-SaclayAdresse e-mail validée de inrae.fr

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Hadi Quesneville

INRAE, Directorate for Open Science, Paris, France

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Genomics Bioinformatics Repeat annotation Data integration Genome analysis


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Shifting the limits in wheat research and breeding using a fully annotated reference genome International Wheat Genome Sequencing Consortium (IWGSC), R Appels, ... Science 361 (6403), eaar7191, 2018	2528	2018
Evolution of genes and genomes on the Drosophila phylogeny AG Clark, MB Eisen, DR Smith, CM Bergman, B Oliver, TA Markow, ... Nature 450 (7167), 203-18, 2007	2257	2007
A chromosome-based draft sequence of the hexaploid bread wheat (Triticum aestivum) genome International Wheat Genome Sequencing Consortium (IWGSC), ... Science 345 (6194), 1251788, 2014	1580	2014
Genome sequence of the metazoan plant-parasitic nematode Meloidogyne incognita P Abad, J Gouzy, JM Aury, P Castagnone-Sereno, EGJ Danchin, ... Nature biotechnology 26 (8), 909-915, 2008	1465	2008
Genome Sequence of Aedes aegypti, a Major Arbovirus Vector V Nene, JR Wortman, D Lawson, B Haas, C Kodira, Z Tu, B Loftus, Z Xi, ... Science 316 (5832), 1718-1723, 2007	1355	2007
The genome of Laccaria bicolor provides insights into mycorrhizal symbiosis F Martin, A Aerts, D Ahrén, A Brun, EGJ Danchin, F Duchaussoy, J Gibon, ... Nature 452 (7183), 88-92, 2008	1149	2008
Genomic Analysis of the Necrotrophic Fungal Pathogens Sclerotinia sclerotiorum and Botrytis cinerea J Amselem, CA Cuomo, JAL van Kan, M Viaud, EP Benito, A Couloux, ... PLoS genetics 7 (8), e1002230, 2011	1106	2011
The Fusarium graminearum Genome Reveals a Link Between Localized Polymorphism and Pathogen Specialization CA Cuomo, U Güldener, JR Xu, F Trail, BG Turgeon, A Di Pietro, ... Science 317 (5843), 1400-1402, 2007	1043	2007
Genome Sequence of the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum International Aphid Genomics Consortium PLoS biology 8 (2), e1000313, 2010	1004	2010
The Ectocarpus genome and the independent evolution of multicellularity in brown algae JM Cock, L Sterck, P Rouzé, D Scornet, AE Allen, G Amoutzias, ... Nature 465 (7298), 617-621, 2010	998	2010
Genome expansion and gene loss in powdery mildew fungi reveal tradeoffs in extreme parasitism PD Spanu, JC Abbott, J Amselem, TA Burgis, DM Soanes, K Stüber, ... Science 330 (6010), 1543-1546, 2010	890	2010
The BioMart community portal: an innovative alternative to large, centralized data repositories D Smedley, S Haider, S Durinck, L Pandini, P Provero, J Allen, O Arnaiz, ... Nucleic acids research 43 (W1), W589-W598, 2015	822	2015
High-quality de novo assembly of the apple genome and methylome dynamics of early fruit development N Daccord, JM Celton, G Linsmith, C Becker, N Choisne, E Schijlen, ... Nature genetics 49 (7), 1099-1106, 2017	818	2017
Obligate biotrophy features unraveled by the genomic analysis of rust fungi S Duplessis, CA Cuomo, YC Lin, A Aerts, E Tisserant, C Veneault-Fourrey, ... Proceedings of the National Academy of Sciences 108 (22), 9166-9171, 2011	792	2011
Ancient hybridizations among the ancestral genomes of bread wheat T Marcussen, SR Sandve, L Heier, M Spannagl, M Pfeifer, ... science 345 (6194), 1250092, 2014	771	2014
Périgord black truffle genome uncovers evolutionary origins and mechanisms of symbiosis F Martin, A Kohler, C Murat, R Balestrini, PM Coutinho, O Jaillon, ... Nature 464 (7291), 1033-1038, 2010	748	2010
Structural and functional partitioning of bread wheat chromosome 3B F Choulet, A Alberti, S Theil, N Glover, V Barbe, J Daron, L Pingault, ... Science 345 (6194), 1249721, 2014	638	2014
Effector diversification within compartments of the Leptosphaeria maculans genome affected by Repeat-Induced Point mutations T Rouxel, J Grandaubert, JK Hane, C Hoede, AP Van de Wouw, ... Nature communications 2 (1), 202, 2011	545	2011
Pan genome of the phytoplankton Emiliania underpins its global distribution BA Read, J Kegel, MJ Klute, A Kuo, SC Lefebvre, F Maumus, C Mayer, ... Nature 499 (7457), 209-213, 2013	535	2013
Considering transposable element diversification in de novo annotation approaches T Flutre, E Duprat, C Feuillet, H Quesneville PloS one 6 (1), e16526, 2011	529	2011

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